Cílem projektu je výběr genů jejichž exprese je charakteristická pro různé typy nádorů hlavy a krku metodami expresního profilování, charakterizace a validace těchto genů jako potenciálních rakovinných markerů a konstrukce diagnostických souprav.
Řešením projektu by mělo být dosaženo detailního popisu různých typů nádoru hlavy a krku (HNSCC) a jejich částí. Tento popis bude obsahovat lékařskou charakteristiku nádoru a pacienta (identifikace, datum narození, pohlaví, lokalita nádoru, MKN klasifikace, histopatologická klasifikace, grading, angioinvaze, lymfangioinvaze, perineurální šíření, extrakapsulární šíření, TNM klasifikace, datum a typ operačního zákroku, adjuvantní terapie), výsledky expresního profilování, případně výsledky dalších experimentů (realtime PCR, in situ hybridizace).
Veškeré výsledky a analýzy budou zpracovány do přehledné počítačové databáze s webovým rozhraním. Expresních profily získané metodou SAGE a následně Illumina budou dalším výsledkem, který bude ověřovat, potvrzovat a zpřesňovat mikroarrayová data. Bude získáno unikátní srovnání genové exprese u vzorků odebraných cílenou laserovou mikrodisekcí oproti běžné disekci. Tyto výsledku budou patřičným způsobem zpracovány do počítačové databáze a připojeny k výše zmíněné databázi.
Souhrným výsledkem této části projektu by měla být identifikovaná skupina genů (potenciální onkogenní markery), jejichž exprese je charakteristická pro různé typy nádorů HNSCC, případně pro různé fáze vývoje těchto nádorů. Tyto geny by po validaci měli sloužit jako onkogenní markery v konstruovaných diagnostických soupravách.
Jako vedlejší výsledek validace by měl být i molekulární popis těchto vybraných genů (genomová sekvence, mRNA sekvence, expresní profil zpřesněný metodou realtime PCR, lokalizace exprimovaných proteinů - případně In Situ RNA hybridizace). Očekávaným výsledkem projektu je prototyp diagnostické soupravy pro stanovení prognózy u nemocných s HNSCC. Pro její konstrukci budou využity technologie použitelné v rutinní diagnostice (Real-Time PCR či Luminex).